Mejorar el hábitat de los enemigos naturales en el interior del invernadero es un factor muy importante del que depende en gran medida el éxito de la estrategia de control biológico de plagas en agricultura ecológica. La fauna auxiliar necesita, para su supervivencia, un microhábitat adecuado donde encontrar refugio y alimentación durante todo el ciclo del cultivo, especialmente en los momentos en los que la presencia de plaga es mínima o nula. Los adultos de parasitoides y de algunos depredadores generalistas necesitan alimentarse de flores para cerrar ciclo.
Koppert recomienda la colocación de setos e islas vegetales para dar refugio a los enemigos naturales, especialmente en las bandas y en los pasillos del invernadero. Para ello, los protocolos de control biológico que Koppert ha desarrollado para la agricultura ecológica en invernadero incluyen la identificación de varias especies vegetales autóctonas que se adaptan perfectamente al entorno.
Los refugios vegetales que crean el hábitat adecuado para la fauna auxiliar se basan en combinar diferentes plantas con flores como cilantro, eneldo, salvia, ruda o lavanda. También se pueden usar diferentes especies de cereal o girasol, en función del cultivo y del enemigo natural que se quiere proteger.
Los setos y las islas vegetales dentro del invernadero sirven de refugio a la fauna auxiliar y equilibran la interacción entre plaga y enemigo natural. Además, favorecen la nidificación de los insectos beneficiosos y las plantas con flor aportan néctar para la alimentación de la fauna auxiliar.